Posledné obdobie Druhého vatikánskeho koncilu bolo poznačené aj menej príjemnou skutočnosťou, keď skupina vyše dvadsiatich cirkevných hierarchov vystúpila z tieňa svojho spolku spoločných názorov a začala vystupovať ako akási aliancia. Skupina mala latinsky názov Coetus Internationalis Patrum – Medzinárodná skupina otcov – a na zozname ich členov figurovali mená známych konzervatívcov ako kardináli Alfredo Ottaviani, Ernesto Ruffini, Spelman, arcibiskupi Lefebvre, Sigaud a ďalší. Nepáčil sa im v prvom rade smer, akým sa Cirkev na koncile uberala. Agitačne vystupovali proti prijatiu náboženskej slobody, proti odsúdeniu všetkých foriem vojny, proti zmiereniu sa so židovským náboženstvom, proti akejkoľvek úprave pohľadu na ciele manželského spolunažívania atď.
V júli 1965 poslali dokonca otvorený list na Štátny sekretariát určený pápežovi so žiadosťou zmeniť priebeh koncilových rokovaní. Väčší priestor sa podľa nich mal dať diskusii nad týmito pre nich tak pálčivými témami. Kardinál Cicognani im však v mene Štátneho sekretariátu odpovedal tvrdými slovami, keď ich v liste nazval „zvláštnym združením v lone koncilu“ a odsúdil ich stranícke tendencie, ktoré „oberajú o slobodu koncilových otcov“ namiesto podporovania svornosti pre pokojné zakončenie vatikánskeho koncilu. Žiaľ tieto tvrdé slová ich neodradili od ďalšieho podnikania v spoločnom mene a ich prvým bodom programu sa od septembra 1965 stalo presadzovanie, aby sa v koncilových dokumentoch dôraznejšie odmietol ateizmus a aby sa pri ňom menovite spomenul aj komunizmus.
V pozmenenom texte návrhu O Cirkvi v dnešnom svete sa na podnet viacerých biskupov objavila problematika ateizmu. Nevenovala sa mu však celá kapitola, ako o to žiadali niektorí otcovia – vrátane slovenského biskupa Pavla Hnilicu ešte v roku 1964. Ateizmus bol spomenutý v kapitole o Povolaní ľudskej osoby ako negatívny jav na ceste poznávania Boha.
Táto okrajová zmienka sa pravdaže nepáčila mnohým koncilovým otcom: „Je nevyhnutné prehĺbiť poňatie ateizmu v dnešnom svete...“ žiadal wroclawský arcibiskup Kominek v mene šesťdesiatich piatich poľských biskupov. No neuviedol nijaké konkrétne návrhy. Tie odzneli až s úst kardinála Franja Šepera z juhoslovanského Záhrebu 24. septembra: „Cieľom schémy nie je jednoduché odsúdenie ateizmu, ani dokazovanie existencie Boha či pokus o obrátenie ateistov. Chce sa ňou skôr predstaviť ponímanie modernému ateizmu kresťanmi... Treba ukázať, že viera v Boha nielenže neprekáža pokroku ľudstva, ale že naopak podporuje väčší zmysel pre dôstojnosť ľudskej osoby.“ Kardinál ďalej poznamenal, že v Cirkvi zahniezdený konzervativizmus a nemennosť, ktorú niektorí katolíci zastávajú, v skutočnosti neodpovedajú duchu evanjelia. Úplným prekvapením však bolo, keď juhoslovanský kardinál predstavil ateistov aj v pozitívnom svetle: „Skutočná viera je impulzom k pokroku... Týmto však nechceme povedať, že ateisti nemôžu robiť nič na tomto poli. Veď aj oni sa môžu riadiť skutočnými hodnotami, ktorých božský základ nie je ihneď viditeľný. Tieto hodnoty potom predstavujú aspoň skryté potvrdenie vôli Božej a večného zákona.“
Vyhlásenie kardinála Šepera bolo natoľko prekvapujúce, že niektoré buletíny Tlačového strediska preložili nedôverčivo jeho poslednú vetu v znení: „Ateisti neprispievajú k pokroku, pretože nemajú zmysel pre hierarchiu hodnôt.“ Jeden ľavicovo zmýšľajúci autor zasa pozmenil kardinálovo vyhlásenie v talianskom časopise Il Tempo, ktoré malo vyznieť, že katolíci sa majú čo učiť o pokroku od ateistov a koncil by mal odsúdiť kapitalizmus.
Napriek takémuto prekrúcaniu v jednom alebo druhom smere Šeperova reč vyvolala zaujímavú diskusiu na tému ateizmus. Už Pavol VI. v svojej programovej encyklike Ecclesiam suam vyjadril nádej, že raz sa ateisti otvoria pre dialóg s veriacimi a táto nádej mala nájsť svoje miesto aj v novom koncilovom dokumente. Uznanie a súhlas s kardinálom Šeperom vyslovil viedenský kardinál König, ktorý žiadal lepšie rozlišovať medzi rôznymi formami ateizmu. V dokumente sa majú predstaviť korene tohto fenoménu a tiež liečivé prostriedky a jasný postoj Cirkvi – hoci bez priameho odsudzovania, ktoré by neslúžilo pre pokoj. Königov prejav nápadne pripomínal štruktúru písomnej pripomienky biskupa Hnilicu z predchádzajúceho roku, v ktorom tento slovenský biskup v emigrácii žiadal o vytvorenie osobitnej kapitoly s názvom O ateizme, jeho príčinách a liečivých prostriedkoch proti nemu. Táto zhoda však nebola náhodná. Kardinál König a biskup Hnilica okrem toho, že boli osobní priatelia, spolupracovali tiež na Sekretariáte pre neveriacich. Tomuto sekretariátu bola zverená úloha doplniť text o ateizme v dokumente Gaudium et Spes. Oficiálne fungoval ako nová pod-podkomisia, založená kardinálmi Königom a Šeperom.
Biskup Hnilica taktiež vystúpil na koncile s prejavom o ateizme. Niesol sa však v inom duchu než jeho predchádzajúca písomná pripomienka. Celú záležitosť predstavil viac duchovne, priam charizmaticky, keď „bojovný ateizmus“ označil za „pseudomystické telo Satanovo“, ktorého „tajná sila a šírenie majú ráz čohosi nadprirodzeného“. Proti tejto sile musia byť použité duchovné a nadprirodzené liečivé prostriedky ako jednota a láska, prejavené v Cirkvi a na koncile, ktoré napokon dávajú nádej, „že v dnešnom svete bude triumfovať Duch Svätý“.
V ten istý deň po biskupovi Hnilicovi o slovo požiadal aj ďalší Slovák – biskup Michal Rusnák, ktorý pôsobil v eparchii v Toronte. Okrem svojej osobnej skúsenosti prenasledovania totalitným režimom predstavil koncilovým otcom úzku spojitosť medzi ateizmom a komunistickým systémom. „Zredukovať komunizmus jedine na problém ateizmu by spôsobilo vo svete veľké sklamanie vidiac, že Cirkev mlčí pred touto herézou dvadsiateho storočia.“ Biskup Rusnák preto žiadal osobitnú zmienku o komunizme – rovnako ako o to žiadala Medzinárodná skupina koncilových otcov a niektoré americké katolícke organizácie.
Ich žiadostiam sa však nevyhovelo. Komisia pre tvorbu dokumentu O Cirkvi v dnešnom svete sa oficiálne ohradila, že sa jej táto zmienka nezdá vhodná: „Commissio non ita sentivit“. Biskupa Rusnáka a americké kruhu, zdá sa, táto odpoveď uspokojila, čo ale nemožno povedať o spomínanej skupine Coetus, ktorá začala zbierať petičné podpisy a rozposielať protestné letáky. Nemali však reálny vplyv na zvrátenie udalostí.
Neodsudzovať priamo komunizmus bolo želaním Jána XXIII. aj Pavla VI. S odvolaním sa na odsúdenie, ktoré explicitne vydali pápeži Pius XI. a Pius XII., si tvorcovia Gaudium et Spes zvolili formuláciu: „Cirkev, verná Bohu i človeku, nemôže aj naďalej s bolesťou a s najväčšou rozhodnosťou nezavrhovať – ako to robila aj v minulosti – tieto zhubné náuky a spôsoby, ktoré protirečia ľudskému rozumu i všeobecnej skúsenosti a pozbavujú človeka jeho vrodenej dôstojnosti“ (GS 21).