Popri pamätnom zvolaní: „Gaudet Mater Eccelsia“ – „Svätá Cirkev sa raduje“, ktorý zaznel pred päťdesiatimi rokmi pri inaugurácií II. vatikánskeho koncilu (11. októbra 1962), pápež Ján XXIII. nezabudol tiež vyjadriť sústrasť s trpiacou a prenasledovanou Cirkvou. Doslova uviedol:
„Priznávame, že i dnes pociťujeme živú bolesť nad neprítomnosťou viacerých arcipastierov, ktorí sú nám takí drahí: sú väznení pre svoju vernosť Kristovi alebo sú zadržaní inými prekážkami. Spomienka na nich Nás pohýňa vrúcne sa za nich modliť k Bohu“.
Tieto slová boli v neposlednom rade určené aj štyrom slovenským biskupom a siedmym českým biskupom, ktorým vtedajší komunistický režim nedovolil vycestovať na koncil. Okrem nich sa na otvorení koncilu nezúčastnilo vyše 250 pozvaných biskupov a prelátov. Niektorí z dôvodu zlého zdravotného stavu, iní kvôli väzeniu. Takto zo Slovenska, ako uvádzajú Hlasy z Ríma, nemohli prísť štyria biskupi: Ján Vojtašák, ktorý sa stále nachádzal vo väzení, ďalej rožňavský biskup Róbert Pobožný, spišský pomocný biskup Štefan Barnáš a grécko-katolícky biskup blahoslavený Vasiľ Hopko, ktorý po rokoch väzenia musel byť hospitalizovaný. Dlho nebolo jasné, či komunistický režim vôbec dovolí zúčastniť sa niekomu z ČSSR na koncile.
Kvôli tejto neistote Mons. Andrew Grutka, americký biskup z Gary, slovenského pôvodu, navštívil 14. apríla 1962 Svätého Otca a referoval mu, aká je situácia v Česko-Slovensku. Pravdepodobne aj vďaka jeho úsiliu a vytváraniu diplomatického tlaku na vtedajšiu vládu deň pred otvorením koncilu, 10. októbra 1962 priletela do Ríma 12-členná delegácia z ČSSR. Medzi nimi boli dvaja slovenskí biskupi: Eduard Nécsey z Nitry a Ambróz Lazík z Trnavy a jeden český biskup: František Tomášek, ktorý po trojročných nútených prácach v kameňolome mohol pôsobiť len ako farár v Moravskej Huzovej.
Účasť Slovákov a Čechov na koncile musela pre vedúcu komunistickú stranu zapadať do rámca vtedajšej ideológie, a preto týždeň pred začiatkom koncilu bolo zvolané tzv. „mierové snemovanie duchovenstva“. Podľa Katolíckych novín zo 14. októbra 1962 na sneme duchovenstva vystúpil Jozef Plojchar, predseda Celoštátneho výboru katolíckeho duchovenstva, ktorý vyjadril želanie: „Aby vatikánsky koncil... bol mohutným hlasom do svedomia sveta, aby sa Katolícka cirkev postavila za udržanie mieru a odstránenie príčin, ktoré by mohli viesť k tretej svetovej vojne.“ „Udržanie svetového mieru“ slúžilo ako ideologické odôvodnenie, prečo komunistický režim dovolil trom biskupom a ich odborným poradcom vycestovať na Druhý vatikánsky koncil.
Delegácia mala pápežovi odovzdať Posolstvo katolíckeho duchovenstva ČSSR. Hlasy z Ríma (december 1962) opisujú tento prejav slovami: „Posolstvo najprv spomína veľké krivdy, ktoré spáchal proti Cirkvi nacizmus. Uvádza sa, že každý desiaty kňaz bol v ČSSR nacistami väznený. Potom sa posolstvo osvedčuje za nový spoločenský poriadok v ČSSR, ktorý sa dali vraj aj katolícki kňazi s nadšením budovať. Posledná časť je osvedčením za mierovú prácu.“
V slobodnejšej atmosfére sa mohli na príprave a otvorení koncilu podieľať slovenskí a českí kňazi žijúci v emigrácií. Do prípravných komisií koncilu boli zapojení dvaja Slováci: jezuita Michal Lacko a salezián Milan Ďurica. Páter Lacko bol poradcom pre východné cirkvi a don Ďurica zasa poradcom komisie pre disciplínu kléru a veriaceho ľudu. V auguste 1962, keď sa ešte nevedelo, či komunisti dovolia niekomu z ČSSR vycestovať na koncil, americký biskup Andrew Grutka, ktorého rodičia pochádzali zo Spišskej Starej Vsi, si zvolil za svojich poradcov na koncile dvoch slovenských kňazov žijúcich v Ríme: Mons. Jozefa Tomku a Mons. Štefana Náhalku – obidvaja sa v tom čase podieľali na vybudovaní Slovenského ústavu sv. Cyrila a Metoda v Ríme.
Pred začiatkom koncilu Svätá Stolica vymenovala ďalších dvoch slovenských kňazov za odborných poradcov na koncile. Boli nimi: jezuita Pavol Hnilica a františkán Daniel Faltin.
Keď už bolo isté, že sa na koncile zúčastnia aj traja biskupi z ČSSR, pápež Ján XXIII. vymenoval nitrianskeho biskupa Eduarda Nécseya za člena koncilovej komisie pre apoštolát laikov, tlač a divadlo, čo znamenalo aktívnu a priamu účasť pri samotnej tvorbe koncilových dokumentov.
Na druhý deň po otvorení koncilu, 12. októbra 1962, prijal pápež Ján XXIII. na osobitnej audiencii troch biskupov z Česko-Slovenska. Môžeme si predstaviť to dojemné stretnutie našich biskupov so Svätým Otcom, keď po rokoch perzekúcií mali možnosť zúčastniť sa na najväčšom cirkevnom podujatí, ktoré zmenilo tvár Cirkvi.
V ten deň si blahoslavený pápež Ján zapísal do svojho denníka: „Mal som možnosť prijať dve osobitné návštevy: Mons. Simona Kokoffa, titulárneho pomocného biskupa Sofie a Plovdivu; a tiež troch československých biskupov spoločne: Eduarda Necseya, pomocného biskupa Nitry, Ambróza Lazíka, administrátora Trnavy, a Františka Tomáška – bolestná a žalostná história.“
Pravdepodobne sa nikdy nedozvieme, o čom sa presne naši biskupi s pápežom rozprávali v tých pohnutých časoch, ktoré vtedy prežívali. Faktografický záznam o audiencii v pápežovom denníku končí dojímavou poznámkou: „bolestná a žalostná história“, a to nám dáva aspoň nejako nazrieť do atmosféry bratského stretnutia, kde sa traumatická skúsenosť z tvrdého prenasledovania miesila so súcitným a láskavým prijatím u „dobrého pápeža“. Bol to záblesk nádeje a duchovnej útechy pre Cirkev v Čechách a na Slovensku.