Ústrednou prosbou Ježišovej veľkňazskej modlitby je tá, ktorá sa dotýka jednoty tých, čo v neho uveria. Táto jednota vychádza predovšetkým z Božej jednoty a prichádza k nám od Otca prostredníctvom Syna v Duchu Svätom. Ježiš žiada dar, ktorý vychádza z neba a ktorý skutočne a silno účinkuje na zemi.
Jednota kresťanov je na jednej strane tajomnou skutočnosťou, ktorá prebýva v srdciach veriacich, zároveň má zažiariť v celom svojom jase v dejinách, má sa zjaviť, aby svet uveril svojmu veľmi praktickému a konkrétnemu cieľu, má sa zjaviť, aby všetci boli skutočne jedno. Jednota budúcich učeníkov, súc jednotou s Ježišom, ktorého Otec poslal na svet, je zároveň pôvodným zdrojom všetkej účinnosti kresťanskej misie vo svete.
Môžeme povedať, že v Ježišovej veľkňazskej modlitbe sa završuje ustanovenie Cirkvi. Práve tu, v priebehu poslednej večere, Ježiš tvorí Cirkev, pretože čo iné je Cirkev, ak nie spoločenstvo apoštolov, ktoré, prostredníctvom viery v Ježiša Krista ako poslaného od Otca, dostáva jednotu a má účasť na Ježišovom spasiteľskom poslaní pre svet, aby bol privedený k poznaniu Boha? Tu skutočne nachádzame pravú definíciu Cirkvi. Cirkev sa rodí z Ježišovej modlitby.
Ježiš sa modlí, aby jeho učeníci boli jedno. V sile tejto jednoty, prijatej a chránenej, môže Cirkev putovať „vo svete“, bez toho, aby bola „zo sveta“ (porov. Jn 17,16) a žiť zverené poslanie, aby svet uveril v Syna a v Otca, ktorý ho poslal. Cirkev sa tak stane miestom pokračovania Ježišovho poslania: vyviesť „svet“ z odcudzenia sa človeka Bohu a sebe samému, z hriechu, aby sa stal opäť svetom Božím.