„Predovšetkým chceme spomenúť a vyjadriť vďačnosť všetkým tým, čo pracovali – a my vieme s koľkou starostlivosťou – v komisiách a v podkomisiách na vylepšovaní verzií navrhovaných dokumentov, ktoré budú čochvíľa diskutované. Nech už bude konečný úsudok nad týmito schémami akýkoľvek, vy si zaslúžite potlesk a vďačnosť za usilovnosť, čas a námahu, ktoré ste vynaložili pri ich zostavovaní.“
Tieto slová vďaky zazneli z úst pápeža Pavla VI. 14. septembra 1965 pri otváraní posledného obdobia Druhého vatikánskeho koncilu. Štyri obdobia koncilových zasadaní sa konali spravidla na jeseň: zvyčajne od septembra do decembra. Zvyšné mesiace boli naplnené prácou v koncilových komisiách – vo vyše tridsaťčlenných skupinách, ktoré mali spracovať všetky príhovory a písomné pripomienky koncilových otcov a na ich základe upraviť text pripravovaného dokumentu. Každá komisia mala na starosti jeden, nanajvýš dva dokumenty a celkovo môžeme zrátať jedenásť komisií: komisia pre náuku viery a mravov, pre biskupov a správu diecéz, pre východné cirkvi, pre sviatosti, pre disciplínu kléru a kresťanského ľudu, pre rehoľníkov, pre misie, pre semináre a kresťanskú výchovu, pre apoštolát laikov, tlač a kultúru, zmiešaná komisia pre schému O Cirkvi v dnešnom svete a od marca 1964 aj prvá pokoncilová komisia pre liturgiu.
Komisiou, ktorá sa stretávala najdlhšie, a ktorá prešla asi najťažšími turbulenciami zo všetkých, bola komisia pre náuku viery a mravov, inak nazývaná „doktrinálna“ či „vieroučná“. Jej prvým úspechom bolo dokončenie dokumentu o Cirkvi s názvom Lumen gentium – Svetlo národov, schválené na záver zasadaní v roku 1964. Po troch rokoch intenzívneho rokovania a nemalých sporov, ktoré sa prejavili aj na samotnom koncile, vzal tento dokument pod svoje ochranné krídla pápež Pavol VI., ktorý k nemu pripojil svoju „predbežnú vysvetlivku“ pre správne chápanie zložitého vzťahu medzi biskupským zborom a pápežským primátom. Týmto sa však úloha vieroučnej komisie pod vedením kardinála Ottavianiho nevyčerpala a ako „na rováši“ jej zostávalo dokončenie ďalšieho dokumentu, ktorý si niesla už od prvej koncilovej fázy. Dokument mal spočiatku názov O prameňoch zjavenia a proti jeho zneniu bolo vznesených najviac námietok a pripomienok. Zmenil sa preto jeho názov, z väčšej časti aj jeho text, a vlastne aj komisia, keďže ešte pápež Ján XXIII. k tejto komisii pripojil sekretariát pre jednotu kresťanov. Výsledkom toho mala byť spolupráca dvoch asi najviac protikladných postáv na koncile: konzervatívneho kardinála Ottavianiho a kardinála Beu, ktorý mal zásluhu na výnimočne dobrých vzťahoch koncilovej Cirkvi s nekatolíckymi cirkvami a inými náboženstvami.
Základným kameňom úrazu pri tomto dokumente bol pomer medzi cirkevnou Tradíciou a Svätým písmom. Výlučné zdôraznenie Svätého písma protestantmi v 16. storočí viedlo Katolícku cirkev k vyhláseniu, že okrem Svätého písma je prameňom Božieho zjavenia aj cirkevná Tradícia. Na základe tohto učenia boli napríklad vyhlásené ako pravdy viery mariánske dogmy o Nepoškvrnenom počatí a Nanebovzatí Panny Márie, o ktorých vo Svätom písme nenachádzame nijaké zmienky. Viedlo to však k opačnej krajnosti, keď sa dôraz na tradíciu stal prekážkou k sprístupneniu Svätého písma pre veriacich. Druhý vatikánsky koncil chcel preto nájsť rovnováhu medzi oboma „prameňmi“ a napraviť tak neochotu katolíkov siahnuť po Knihe kníh a čítať ju pritom v duchu cirkevnej Tradície. Postupne sa dostával na povrch názor, že tieto dva „pramene“ sú vyjadrením jedného Božieho zjavenia, a preto sa názov dokumentu zmenil na O Božom zjavení. Vo verzii, v akej sa dokument predstavil koncilovým otcom v roku 1964, sa dokonca hovorilo najprv o „Svätom písme“ a až potom o „posvätnej Tradícií“.
Na túto skutočnosť upozornili viacerí biskupi. Medzi nimi aj rožňavský biskup Róbert Pobožný, ktorý poslal vieroučnej komisii písomnú pripomienku. V nej spochybňoval správnosť takého poradia: „Kristus predsa neposlal ľudí zisťovať si ním zjavené pravdy v napísaných knihách. Nariadil im však počúvať učenie apoštolov, ktorí boli ním ustanovení... Nepovedal: „Sadnite si a píšte!“ Ale: „Choďte a učte, hlásajte!“ Nepovedal ľuďom: „Kto nebude čítať a nebude chápať, bude odsúdený!“ Ale: „Kto by neuveril hlásaniu apoštolov, bude odsúdený!“.“ Z tejto argumentácie biskup Pobožný uzatváral: „Posvätný poklad viery tvoria posvätná Tradícia a Sväté písmo a nie naopak.“
Vieroučná komisia vzala túto pripomienku rožňavského biskupa vážne a v ďalšom období, v roku 1965, sa v dokumente hovorilo o „posvätnej Tradícii a Svätom písme“ – teda v poradí, aké odôvodnil biskup Pobožný. No naďalej zostával problém, v akom vzťahu sú medzi sebou Tradícia a Sväté písmo.
Koncom septembra, v poslednom roku koncilu, sa uskutočnilo celkovo dvadsať hlasovaní nad jednotlivými časťami dokumentu O Božom zjavení. Napriek tomu, že stále väčšina, okolo dvetisíc koncilových otcov, hlasovala za, skupina vyše dvesto až tristo biskupov hlasovali „placet iuxta modum“, t.j. prijateľné s výhradami. Členom komisie bolo jasné, že „výhradou“ týchto koncilových otcov je nehovorenie viac o Tradícií ako o prameni Božieho zjavenia. Mnohí to vnímali ako vytlačenie Tradície Cirkvi na vedľajšiu koľaj popri Svätom písme. Kardinál Ottaviani, predseda vieroučnej komisie, poslal dokonca list pápežovi, v ktorom sa sťažoval na svoju komisiu: „Z výsledku hlasovania,“ píše kardinál: „možno vidieť povahu komisie, ktorej musím predsedať a v ktorej nemôžem presadiť moje názory, lebo ma podporuje len málo členov.“ V tomto liste Ottaviani žiadal Pavla VI., aby zasiahol osobne do rokovania komisie a aby, podobne ako tomu bolo pri dokumente O Cirkvi, pridal svoju „predbežnú vysvetlivku“, ktorou by rozriešil celý spor.
Tentoraz si však pápež počínal inak a menej autoritatívne – 17. októbra poslal členom komisie list, v ktorom ich požiadal o ďalšie zasadanie s cieľom upraviť odsek O vzťahu medzi Tradíciou a Písmom. Osobitne si žiadal, aby na zasadaní bol prítomný aj kardinál Bea, čo bolo veľmi múdre rozhodnutie. Kardinál Bea predostrel komisii tri formulácie, ktoré mali celú záležitosť osvetliť, a z ktorých napokon hlasovaním zvíťazila veta: „Cirkev nečerpá istotu o všetkom, čo bolo zjavené, iba zo Svätého písma.“
Bolo to vyjadrenie, ktoré sa pozdávalo aj Pavlovi VI. a dávalo priestor pre existenciu Tradície v živote Cirkvi popri nepochybnej dôležitosti Svätého písma. V deň hlasovania nad celým dokumentom 29. októbra 1965 komentoval kardinál Florit z Florencie túto vsuvku slovami: „Posvätná Tradícia nie je predstavená ako kvantitatívny doplnok k Svätému písmu, ani Sväté písmo ako jediná norma celého Božieho zjavenia. Text návrhu teda nebol podstatne zmenený, ale zdokonalený čo sa týka vyjadrovania.“ Výsledkom hlasovania bolo vyše dvetisícsto kladných hlasov, len dvadsaťsedem proti a už žiaden hlas s výhradami.