„Cieľ tejto svätej synody je pastoračný a preto má na zreteli obnovu Cirkvi, snahu o posvätný ekumenizmus a dialóg s celým svetom v duchu Kristovej lásky.“ Takto zhrnul ciele Druhého vatikánskeho koncilu nitriansky biskup Eduard Nécsey vo svojom verejnom prejave 16. septembra 1964. Jeho príspevok zaznel na koncile len tri dni po otvorení tretej fázy koncilu a zároveň bol jediným ústnym prejavom zo strany našich biskupov v roku 1964. Aby sa totiž koncilové práce urýchlili, pápež Pavol VI. poveril mníchovského kardinála Döpfnera vypracovaním plánu na zefektívnenie koncilových rokovaní. Tzv. „Döpfnerov plán“ skrátil čas ústnych prejavov z pätnástich na desať minút. To mohlo byť dôvodom, prečo boli naši biskupi zdržanliví v ústnych prejavoch a uprednostnili iné formy aktívnej účasti.
Biskup Nécsey bol členom koncilovej komisie pre laický apoštolát, ktorá mala v roku 1964 predstaviť dokument o laikoch v Cirkvi. Kvôli tomuto Nécsey ešte pred koncilovými zasadaniami navštívil Rím dvakrát – začiatkom marca a začiatkom júna. V júni okrem schôdzky komisie mal na programe aj osobitnú audienciu u pápeža Pavla VI. a v tomto mesiaci sa zverejnila tiež správa, že jezuitský páter Pavol Hnilica bol tajne vysväteným biskupom. Zverejnením jeho vysviacky dostal právo zúčastňovať sa na koncile ako každý iný biskup a nie len ako odborný poradca, ktorým bol doteraz. V septembri 1964 sa tak mohol pripojiť k skupinke štyroch biskupov, ktorí prileteli z Prahy do Ríma. Boli nimi: spomínaný biskup Nécsey z Nitry, Lazík z Trnavy, Tomášek z olomouckej diecézy a Pobožný z Rožňavy. O necelý mesiac táto skupina s radosťou prijala zvesť o menovaní ďalšieho biskupa Slováka. Redemptorista Michal Rusnák, farár slovenských gréckokatolíkov v Kanade, sa stal pomocným biskupom torontského gréckokatolíckeho biskupstva. Do Ríma priletel spolu s ďalším kanadským Slovákom pánom Štefanom Romanom, ktorý sa zúčastnil na koncile ako laický poslucháč. Aj on bol katolíkom byzantského obradu. Keď si ešte uvedomíme prítomnosť ďalších dvoch odborných poradcov Slovákov: minoritu Daniela Faltina a Xavera Číka z rehole tešiteľov, poteší nás pomerne početná skupina krajanov zapojená do koncilových prác.
„Je preto potrebné, aby sa tieto ciele posvätnej synody objavili v tejto kapitole. Tým viac, že Matka Ježiša Krista je tiež Matkou Cirkvi.“ – vysvetľoval Nécsey koncilovým otcom v spomínanom príhovore 16. septembra 1964. Pretriasala sa vtedy posledná kapitola schémy O Cirkvi, v ktorej sa mala predstaviť spojitosť medzi Cirkvou a Pannou Máriou. Biskup Nécsey podobne ako mnohí ďalší konciloví otcovia žiadal, aby sa v dokumente zdôraznil Máriin titul „Matka Cirkvi“. Argumentoval pritom faktom, že kde sa pestuje mariánsky kult, tam veriaci upevňujú svoju príslušnosť k Cirkvi a ľahšie zdolávajú životné prekážky. Navyše patričná obnova mariánskeho kultu môže priniesť pomoc modernému človeku, poznačenému praktickým materializmom a pretechnizovanou kultúrou.
Týmto príhovorom sa však príspevky biskupov z Československa nevyčerpali. Od 14. septembra do 21. novembra 1964 predložili celkovo deväť písomných návrhov.
Keď sa rokovalo o laickom apoštoláte, pán biskup Nécsey spísal svoje pripomienky, v ktorých definoval laika ako „každého veriaceho kresťana, ktorý bol krstom včlenený do mystického Kristovho tela, t.j. do jeho Cirkvi“. Požadoval pritom, aby aj laikom, podobne ako doteraz klerikom, biskup v istých prípadoch udeľoval kanonickú misiu, teda úradné poslanie v cirkevných záležitostiach, čím by sa im dala väčšia zodpovednosť v živote Cirkvi.
V mene všetkých československých biskupov predložil ďalšiu písomnú pripomienku trnavský apoštolský administrátor Ambróz Lazík. „Diecézny klérus vytvára spolu s biskupom jednu rodinu, ktorej otcom je biskup.“ – píše sa v jeho príspevku, v ktorom sa ďalej odporúča nepoužívať viac pre biskupa titul „Najdôstojnejší pán“ (Excellentissimus Dominus), ale skôr rodinnejšie oslovenie „Veľavážený otec“ (Reverendissimus Pater). Dokumentu O úrade biskupov vytkli naši biskupi nejasnosť pri definovaní diecézy a práva biskupa prekladať svojich kňazov z farností.
Najčastejšie píšucim svoje pripomienky spomedzi slovenských koncilových otcov bol rožňavský biskup Róbert Pobožný. Počas roku 1964 odovzdal koncilovej komisii päť návrhov, v ktorých zväčša upozorňoval na nesprávne použité to, ktoré slovíčko. Napríklad v dokumente O Božom zjavení navrhol doplniť slovo attente – „pozorne“ výrazom eximie venerandi – „veľmi uctievať“ vo vete: „Knihy Starého zákona majú Kristovi učeníci pozorne čítať.“ Nestačí predsa čítať Bibliu len „pozorne“ ako akékoľvek iné dielo klasickej literatúry. Ona je Svätým písmom práve kvôli „veľkej úcte“, s akou k nej pristupujú veriaci ako k Božiemu zjaveniu. Táto Pobožného poznámka prispela skutočne k zmene a tvorcovia dokumentu o mesiac nato prepísali slovné spojenie: „pozorne čítať“ na výraz: „nábožne prijímať“, ktorý aj dnes nájdeme v konštitúcií Dei verbum: „Kresťania majú tieto knihy nábožne prijímať.“ (DV 15).
Za najdôležitejší dokument tretej fázy koncilu bol považovaný text schémy O Cirkvi v dnešnom svete. Aj k tomuto dokumentu predložili naši biskupi dva návrhy, ktoré nezostali bez povšimnutia. Najmladší spomedzi nich, Pavol Hnilica navrhol vložiť do dokumentu novú kapitolu s názvom: O ateizme, jeho príčinách a prostriedkoch. Sám pritom vypracoval náčrt takejto kapitoly a podrobne predstavil dôvody, prečo musí Cirkev čeliť ateizmu ako najviac škodlivému zlu pre ľudstvo. „Mnohí popierajú Boha, pretože oklamaní považujú Boha za priateľa bohatých a za nástroj útlaku. Z tohto dôvodu to nebudú naše slová, ale viera činná v láske, čo ukáže pravého a živého Boha.“ Tento Hnilicov písomný návrh sa stane základom pre jeho významnú koncilovú reč o rok neskôr (1965) a poslúži ako východisko pre tri nové kapitoly konštitúcie Gaudium et Spes, ktoré predstavia ateizmus a postoj Cirkvi voči nemu v celej šírke.
Ku koncu tretieho obdobia koncilových zasadaní chcel v mene biskupov Československa prehovoriť taktiež Mons. František Tomášek vo veci sociálnej náuky Cirkvi. Nanešťastie pre krátkosť času bol požiadaný, aby svoj príspevok predložil len písomne. V prejave odporúčal, aby sa v Cirkvi zriadil sekretariát, ktorý by koordinoval prácu Cirkvi na sociálnom poli. Sekretariát by slúžil pre uplatňovanie sociálnej náuky Cirkvi. Dokonca každá farnosť by mala mať akýsi sociálny úrad na čele s farárom, ktorý by podporoval sociálnu spravodlivosť na miestnej úrovni. Tento návrh biskupov zo socialistického bloku sa aj dnes zdá byť odvážny a priekopnícky. Márne by sme síce hľadali zmienku o ňom v dokumente Gaudium et Spes, ale myšlienka biskupa Tomáška predsa našla uplatnenie – v roku 1967 pápež Pavol VI. zriadil Pápežskú radu pre spravodlivosť a pokoj, ktorá má dodnes úlohu prehlbovať sociálnu náuku Cirkvi a hľadať prostriedky na jej vovedenie do praxe.